Pensando “científicamente”!!!!!

Vaya reunión la de ayer!!!! Fue online, pero tuvo su “enjundia”.
Nuestro investigador, nos propuso que analizáramos en detalle el resultado de nuestro último experimento.

Y… NO SE TRATABA SOLO DE CONTAR!!!!.
Nuestros datos nos deberían indicar el número y el “tipo” (azul y blanca) de bacterias presentes en cada uno de los cultivos.

 

De los datos se desprende un comportamiento distinto de las mezclas bacterianas dependiendo del fago al que se enfrentaban. Esto es especialmente claro en la mezcla denominada B, donde enfrentábamos la cepa conteniendo el sistema de defensa UG5, frente a otra idéntica pero que no lo contenía. (GR4UG5 versus GR4pTG2).

Los datos de este experimento nos van a poder permitir responder a la pregunta que nos hicimos al comienzo de este proyecto:

¿Son los virus, los que garantizan la diversidad presente en las bacterias?

Ya estamos mucho más cerca de nuestro final. Las próximas jornadas serán claves para lograrlo.
Ánimo equipo!!!!

Nuestros resultados!!!

Por fin nuestro Investigador nos ha resumido los últimos datos. Ahora nos queda interpretarlos y saber si de ellos podemos extraer conclusiones “aventuradas” o definitivas.  

Y es que lo que hay que hacer ahora es “contar”…. .

Necesitamos conocer el número de bacterias presentes en 1 ml de cada uno de os cultivos “problema” (A0 hasta B2)

Imagen 1: siempre tenemos que tener claro el experimento realizado y lo que pretendíamos demostrar.

Esos números nos servirán para decidir e interpretar qué ha pasado y cómo enfocar nuestra “historia”, nuestro trabajo, etc… y saber si de ellos podemos extraer conclusiones “aventuradas” o definitivas.

Por tanto hay que contar “todo” lo que pueda ser contado.

Imagen 2: Ejemplos de los distintos plaqueos hechos. El número obtenido nos servirá para inferir el número de bacterias presentes… 

Jóvenes!!! Contemos el nº de colonias presentes en las placas que permitan inferir el número de bacterias en cada cultivo. Tanto en experimentos con bolitas (100 ul y placa entera) como en experimentos con gota (5 ul). Debemos tb contar en la medida de lo posible cuantas colonias blancas y cuantas colonias azules hay en cada cultivo… .

En recursos tenéis de nuevo la presentación resumen de este último experimento, que deberíais completar con vuestros apuntes. Todos los datos de lo que hicimos van a ser necesarios para nuestros cálculos.

Finalmente, necesitamos rellenar una tabla de este tipo, para empezar a ver el fin de nuestro trabajo:

Esta tabla nos definirá la pregunta planteada al principio de esta entrada:

“Cúal es el número de bacterias presentes en 1 ml de cada uno de los cultivos (A0 hasta B2)” y cuantas son azules y cuantas blancas”

Cuando no siempre “sale” lo que se espera…

El pasado Jueves tuvimos un nuevo encuentro virtual, sospecho que no será el último. En él estuvimos valorando discutiendo, los resultados del último experimento.

Imagen 1: Ejemplo de una de las placas. Izquierda: en el IES, derecha en la EEZ.

Se trataba de evaluar el efecto de la presencia de fagos en la dinámica de crecimiento de un cultivo.

Sin embargo, no pudimos extraer grandes conclusiones tras la incubación de las distintas diluciones de los cultivos en las placas… Tan solo se apreciaron datos en las diluciones de los cultivos donde no se añadió ninguno de los fagos (Imagen 1). Todo se vio afectado por la presencia de diversos tipos de contaminantes

Ejemplos de contaminaciones que aparecieron en una de las placas.

Sin embargo, tras analizar en detalle algunas de las diluciones observamos que el experimento estaba bien planteado. Los datos de Absorbancia no engañaban y de alguna manera, aparecieron colonias y cultivos solo en aquellas placas donde deberían estar (ver en recursos un resumen del experimento llevado a cabo: Práctica IV).

Una nueva cita para confirmar esta tendencia la tenemos ahora sí en la EEZ, donde quizás estemos en condiciones más asépticas para obtener nuestros datos.

Y es que Ciencia, también es poner en valor la dificultad de obtener resultados concluyentes. Estamos en el camino.

Aupa Fagos team!!!!

Miercoles 15 de Febrero

Vaya mañana más intensa que hemos tenido en nuestro laboratorio en el Ayala.

Gracias a Esperanza, un nuevo experimento se puso en marcha dos días antes.

 

 Cultivos puestos por Esperanza el pasado Lunes (dos días antes de que llegaran al instituto).

 

Y es que, empezamos a enfrentarnos a nuestra pregunta científica:

Estudiar el efecto de la presencia de fagos en poblaciones bacterianas.

¿¿Que es lo que tenemos que analizar???

Hemos empleado toda la mañana (unas dos horas) en sembrar diluciones para poder contar las bacterias que hay presentes en los cultivos, y tb determinar qué tipo de bacterias son: blancas y azules.

Nuestro material era:

 

 

Mezclados de 6 maneras distintas:

Debemos de inferir en base a lo que ya sabemos que es lo que sucederá en nuestros cultivos. Para lo que realizamos nuestras “famosas” diluciones seriadas: 

 

El análisis del cultivo lo hemos realizado de dos maneras:

1) Rápida y menos precisa: por goteo en la placa

 

 2) Lenta pero más definitiva: por conteo de colonias…

Los primeros resultados los tendremos a primeros de la semana que viene… .

Deberíamos de ser capaces de intuir que es lo que nos va a salir…

Pero ya tenemos datos con las absorbancias del experimento que nos pasó Esperanza:

Quien se atreve a dar cierta explicación del por qué de las distintas absorbancias????

Placas abiertas en esterilidad esperando a que se “sequen para meterlas en la estufa.

Nuestras placas nos esperan!!!!

Una nueva sesión online nos espera para discutir nuestros resultados…

Ya estamos cerca de responder a nuestra pregunta científica!!!!

Viernes, 10 de febrero 2023

Ayer tuvimos una nueva reunión, (de nuevo online) para discutir los resultados que obtuvimos respecto a nuestro material. (la presentación de la misma está en recursos: “Práctica III”)

Descubrimos entre otras cosas, el “poder” de las diluciones seriadas (10-1, 10-2, 10-3, ...). Nos ayudan a estimar cantidad, y también a estimar lo que puede estar pasando cuando las proporciones de lo que detectamos no son las mismas.

Imagen 1: Ejemplo de alguna de las diluciones seriadas que hemos llevado a cabo.

Además comprobamos que nuestra estufa en el IES, funciona fenomenal!!!

Imagen 2: Nuestra Estufa a 28ºC (¿Habrá que pensar en ponerle nombre, no os parece???, jajajaja)

Y refleja resultados muy parecidos al que presentaban las placas en el laboratorio.

 

Imagen 3:  Diluciones de Fagos hechas por los alumnos. Tras contar las calvas ya tenemos nuestros primeros resultados… . El material de partida, responde a lo que esperábamos.

Ya podemos Planificar nuestros experimentos y ya sabemos de qué material partimos:

Hip, hip Hurra!!!! Ya vemos el avance de nuestros estudios!!!!

Ya conocemos la EEZ!!!!

El pasado Martes 31 de Enero tuvimos una reunión muy especial. El equipo realizó unos ensayos utilizando los laboratorios del departamento de Microbiología de la EEZ-CSIC.

Primero, tuvimos una reunión en la que vinieron los padres de Laura y de Marta y nuestro investigador nos explicó donde nos encontrábamos y a donde queremos llegar con nuestro proyecto.

Imagen 1: El equipo (con los padres de Marta y Laura) en la tarde de ayer a la entrada del edificio de Microbiología donde tuvieron lugar los experimentos.

En recursos tenéis el pdf de esta presentación a la que asistieron también los padres de Marta y de Laura.

Pero, la parte importante de la tarde fue ponernos manos a la obra para entender qué es lo que vamos a analizar y cuál va a ser nuestro material de partida.

Basándonos en experimentos “clásicos” de microbiología y virus (fagos) queremos responder cuál es la dinámica de nuestro cultivo (de la bacteria S. meliloti) en presencia de distintos tipos de fagos muy concretos .

Confiamos en llegar a Gráficos de este tipo:

Imagen 2: Evolución de un cultivo de E coli durante 46 días publicado por Chao et al 1976. Paco, nuestro investigador piensa que podemos analizar nuestra cinética hasta 220 h donde se ve el efecto del fago en la lisis bacteriana. Claro que nuestro sistema es otra bacteria : S. meliloti.

Vamos a necesitar los siguientes Materiales:

Bacterias:

GR4 (UG5): resistente a algún fago

GR4 (vv): sensible a todos los fagos.

y Bacteriófagos:

3.2: es sensible a GR4 resistente

1.3: infecta a los dos aislados por igual…

Ayer entendimos la diferencia y el cómo obtener título de fagos frente al plaqueo de colonias resultado de nuestra primera práctica del Ayala.

Os recomiendo que le echéis un vistazo a vuestros apuntes y recordéis cómo se prepararon estas “placas tan especiales”.

Imagen 3: Momento importante de la tarde. Paula (dcha) y Cristina (izda) plaqueando las diluciones seriadas de fagos en condiciones de esterilidad. El resultado de nuestro test estará en 24-48 h. Una nueva sesión online nos espera para discutir los resultados.

Y es que fue un día muy intenso donde entendimos la información que aporta un espectrofotómetro, en concreto en su función Densidad Optica a 600 nm.

 Turbidez = cantidad de bacteria, siempre y cuando el cultivo no esté saturado (o sea D= inferior a 0,9).

Fue una jornada larga y extensa de la que se deriva una nueva reunión on line para discutir resultados….

Estamos citados el próximo Jueves 9 de Febrero a las 18:30…
El proyecto ya está en marcha!!!!!

Nuestra primera reunión ‘on line’

El pasado Martes 24 de Enero, reanudamos nuestro proyecto con una nueva reunión on line.

 Imagen 1: Participantes del proyecto a falta de Alba, que no pudo asistir.

Y es que este tipo de reuniones han venido para quedarse, tienen, la ventaja de la facilidad de reunión y discusión y es que en Pandemia las hemos usado mucho, verdad?? Pero algo me dice que las vamos a usar ya lo que queda de nuestra existencia, si es que no venimos usándolas ya desde mucho.

Y es que como siempre pasa en estos proyectos, había mucho que discutir, Por lo pronto, los resultados de nuestro primer experimento:

¿Cuantas bacterias tiene una colonia?

Imagen 2: Ejemplo de algunas de las diluciones realizadas en el laboratorio del IES F. Ayala. Estas eran de Alba y Cristina. (VAYA PEDAZO DE LABORATORIO!!!!)

Y es que, estuvimos analizando las distintas placas y entendiendo el porqué de algunos resultados de ellas: desde aquellas que no apareció ninguna colonia (probablemente porque se secaron en nuestra estufa del IES, hasta aquellas donde las diluciones tenían una coherencia y de las que fiarnos para dar un resultado plausible.

Todavía nos queda dar números del experimento en el que podamos responder a la pregunta de partida y a estas otras dos:

(ii) calcular el número de generaciones que han transcurrido para la formación de cada una de las colonias.

(iii) Teniendo en cuenta que se han formado en 24 h, calculad el tiempo de generación medio (cuánto tarda una bacteria en dividirse en dos hijas).

Estaría bien que las resolviéramos y pusiéramos los comentarios en este blog.

Y por último, en la reunión también hemos avanzado en hacia donde nos dirigimos en el proyecto (ver una nueva presentación en recursos, “el sistema UG5 y Sinorhizobium meliloti”.

¡¡¡¡Ya tenemos un norte de nuestra investigación y ya estamos preparados para abordarla!!!!!

Quedamos entonces pendientes de resolver las cuestiones planteadas (ponerlas en comentarios en el blog) y citados para el próximo Martes 31 Enero a las 17 horas en la Estación Experimental del Zaidín.

 

 

Insisto, Nos vamos a convertir en unos expertos en Microbiología…!!!!!

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain