Ya conocemos la EEZ!!!!

El pasado Martes 31 de Enero tuvimos una reunión muy especial. El equipo realizó unos ensayos utilizando los laboratorios del departamento de Microbiología de la EEZ-CSIC.

Primero, tuvimos una reunión en la que vinieron los padres de Laura y de Marta y nuestro investigador nos explicó donde nos encontrábamos y a donde queremos llegar con nuestro proyecto.

Imagen 1: El equipo (con los padres de Marta y Laura) en la tarde de ayer a la entrada del edificio de Microbiología donde tuvieron lugar los experimentos.

En recursos tenéis el pdf de esta presentación a la que asistieron también los padres de Marta y de Laura.

Pero, la parte importante de la tarde fue ponernos manos a la obra para entender qué es lo que vamos a analizar y cuál va a ser nuestro material de partida.

Basándonos en experimentos “clásicos” de microbiología y virus (fagos) queremos responder cuál es la dinámica de nuestro cultivo (de la bacteria S. meliloti) en presencia de distintos tipos de fagos muy concretos .

Confiamos en llegar a Gráficos de este tipo:

Imagen 2: Evolución de un cultivo de E coli durante 46 días publicado por Chao et al 1976. Paco, nuestro investigador piensa que podemos analizar nuestra cinética hasta 220 h donde se ve el efecto del fago en la lisis bacteriana. Claro que nuestro sistema es otra bacteria : S. meliloti.

Vamos a necesitar los siguientes Materiales:

Bacterias:

GR4 (UG5): resistente a algún fago

GR4 (vv): sensible a todos los fagos.

y Bacteriófagos:

3.2: es sensible a GR4 resistente

1.3: infecta a los dos aislados por igual…

Ayer entendimos la diferencia y el cómo obtener título de fagos frente al plaqueo de colonias resultado de nuestra primera práctica del Ayala.

Os recomiendo que le echéis un vistazo a vuestros apuntes y recordéis cómo se prepararon estas “placas tan especiales”.

Imagen 3: Momento importante de la tarde. Paula (dcha) y Cristina (izda) plaqueando las diluciones seriadas de fagos en condiciones de esterilidad. El resultado de nuestro test estará en 24-48 h. Una nueva sesión online nos espera para discutir los resultados.

Y es que fue un día muy intenso donde entendimos la información que aporta un espectrofotómetro, en concreto en su función Densidad Optica a 600 nm.

 Turbidez = cantidad de bacteria, siempre y cuando el cultivo no esté saturado (o sea D= inferior a 0,9).

Fue una jornada larga y extensa de la que se deriva una nueva reunión on line para discutir resultados….

Estamos citados el próximo Jueves 9 de Febrero a las 18:30…
El proyecto ya está en marcha!!!!!

Nuestra primera reunión ‘on line’

El pasado Martes 24 de Enero, reanudamos nuestro proyecto con una nueva reunión on line.

 Imagen 1: Participantes del proyecto a falta de Alba, que no pudo asistir.

Y es que este tipo de reuniones han venido para quedarse, tienen, la ventaja de la facilidad de reunión y discusión y es que en Pandemia las hemos usado mucho, verdad?? Pero algo me dice que las vamos a usar ya lo que queda de nuestra existencia, si es que no venimos usándolas ya desde mucho.

Y es que como siempre pasa en estos proyectos, había mucho que discutir, Por lo pronto, los resultados de nuestro primer experimento:

¿Cuantas bacterias tiene una colonia?

Imagen 2: Ejemplo de algunas de las diluciones realizadas en el laboratorio del IES F. Ayala. Estas eran de Alba y Cristina. (VAYA PEDAZO DE LABORATORIO!!!!)

Y es que, estuvimos analizando las distintas placas y entendiendo el porqué de algunos resultados de ellas: desde aquellas que no apareció ninguna colonia (probablemente porque se secaron en nuestra estufa del IES, hasta aquellas donde las diluciones tenían una coherencia y de las que fiarnos para dar un resultado plausible.

Todavía nos queda dar números del experimento en el que podamos responder a la pregunta de partida y a estas otras dos:

(ii) calcular el número de generaciones que han transcurrido para la formación de cada una de las colonias.

(iii) Teniendo en cuenta que se han formado en 24 h, calculad el tiempo de generación medio (cuánto tarda una bacteria en dividirse en dos hijas).

Estaría bien que las resolviéramos y pusiéramos los comentarios en este blog.

Y por último, en la reunión también hemos avanzado en hacia donde nos dirigimos en el proyecto (ver una nueva presentación en recursos, “el sistema UG5 y Sinorhizobium meliloti”.

¡¡¡¡Ya tenemos un norte de nuestra investigación y ya estamos preparados para abordarla!!!!!

Quedamos entonces pendientes de resolver las cuestiones planteadas (ponerlas en comentarios en el blog) y citados para el próximo Martes 31 Enero a las 17 horas en la Estación Experimental del Zaidín.

 

 

Insisto, Nos vamos a convertir en unos expertos en Microbiología…!!!!!

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain

Nuestros primeros “pasos” en Microbiología

Hola de nuevo:

Pues ya nos hemos puesto caras…. . Hoy Miércoles 21 de Diciembre hemos tenido nuestra primera sesión… .

Un momento de las explicaciones de Paco, nuestro investigador sobre el proyecto en el que nos vamos a embarcar.

Sesión en la que hemos entendido en parte nuestro proyecto. Demostrar el papel de los virus en la naturaleza. Para ello, vamos a trabajar con bacterias. Y claro, trabajar en microbiología es trabajar con placas, medios y extendidos de bacterias sobre ellas.

Imagen 2: Momentos varios de la práctica de este día

Nuestro investigador nos ha propuesto una primera práctica para que entendamos varios conceptos:

-1 colonia es igual a una bacteria. De hecho, se asume que una bacteria genera una única colonia. Por tanto el estudio en placas nos da la capacidad de contar el número de bacterias presentes.

-Podemos por tanto saber la cantidad de bacterias presentes en un cultivo simplemente mediante diluciones y posterior extendido de un volumen determinado en las placas (100 ul).

      Ha sido una mañana intensa, en la que nos hemos familiarizado con volúmenes, con el manejo de pipetas automáticas, con lo que significa trabajar en condiciones de esterilidad, y creo que hemos entendido hacia dónde va a ir dirigido nuestro proyecto…

      

Imagen 3: Momentos varios de la práctica de este día

      Y es que sin quererlo, nuestro investigador nos ha convertido en profesores de prácticas de nuestro IES… .

¡Vamos a tener que enseñar a nuestros compañeros todo lo que hemos aprendido hoy!

Nos vamos a convertir en unos expertos en Microbiología…!!!!!

Dr Francisco Martinez-Abarca

Estacion Experimental del Zaidin - CSIC

Department of Microbiology

C/ Profesor Albareda n 1

18008 Granada

Spain

Comenzamos

Estimados participantes del Proyecto CAOS III,  “DNA y Resistencia a Fagos”:

 

 En primer lugar, daros la bienvenida a este nuevo proyecto en el que se plantean nuevos desafíos. Desafíos que entroncan directamente con una nueva línea de investigación que venimos desarrollando en el grupo desde hace ya unos años (Caracterización de nuevos sistemas de defensa en bacterias asociados a unos genes denominados Reverso transcriptasas; los sistemas DRT (del inglés Defense Reverse Transcriptases Systems) cuenta de Twitter: @TORO_LAB).

Al final de este proyecto deberíamos entender el papel de los fagos (virus que infectan a bacterias) como garantes de la biodiversidad. El objetivo planteado en este proyecto, aún por definir del todo, se entronca en Proyectos de Investigación actuales llevados en el grupo y financiados por el Ministerio de Ciencia e Innovación.

Todos nuestros avances y resultados los iremos plasmando en este blog en el cual también tendremos recursos, enlaces, etc. Todo aquello que nos permita hacer de este proyecto una experiencia de la que nos sintamos muy orgullosos y de la que hagamos partícipes a todo nuestro entorno: nuestros padres, nuestros compañeros de clase, profesores, amigos... Esta forma de dar a conocer nuestros resultados no es nueva; ejemplo de ello lo tenéis en los blog de proyectos anteriores, que podéis visitar en estos enlaces:

https://dna4letters.blogspot.com/ Estudiando retrones
https://sites.google.com/view/caosdna/home El DNA 4 letras muy informativas
https://eez-crispr.blogspot.com ¿El genoma de mi bacteria posee elementos CRISPR?;

A diferencia de cursos previos, este trabajo llevará una importante labor experimental (el conocido como wet-lab, en contraste con anteriores trabajos fundamentalmente informáticos. En la sección de recursos se encuentran los artículos correspondientes a los trabajos realizados en las ediciones precedentes. En ellos se puede comprobar como nuestros proyectos anteriores han sido todos factibles y llevados a buen puerto, como así ha de ser en este nuevo.

Y ya nada más que pedir vuestra colaboración también en este, nuestro blog. Pero no solo con vuestras aportaciones, sino con las de todos aquellos a los que podamos hacer partícipes de nuestras investigaciones. Seguro que ellos también pueden añadir comentarios interesantes que dinamicen nuestro blog.

Y por ahora nada más.

Ánimo, entre todos vamos a hacer un gran proyecto.

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain